Константин Эдуардович Плохотников (МГУ им. М.В. Ломоносова) :
Статьи:
519.6 + 539.182 Численное моделирование матрицы формы молекулы ДНК
Плохотников К. Э. (МГУ им. М.В. Ломоносова)
doi: 10.18698/2309-3684-2026-1-99118
Понятие матрицы формы или морфы для описания произвольной молекулярной системы (кластера) введено автором ранее в предыдущей работе. Матрица формы всегда может быть построена по имеющейся конфигурации атомов кластера. В общем же случае морфа это симметричная матрица с неотрицательными элементами размером N x N, где N — число атомов в кластере. Вариация матрицы формы кластера позволила регулировать число локально равновесных конфигураций аффилированной функции потенциальной энергии и, тем самым, в известных пределах решить проблему выбора равновесной конфигурации кластера из набора возможных. Рассмотрен пример построения первичной структуры небольшого фрагмента молекулы ДНК, именуемой еще олигонуклеотидом, в качестве локально равновесной конфигурации подходящей функции потенциальной энергии. Матрица формы олигонуклеотида строится последовательно путем построения матриц формы всех входящих компонентов, включая четыре азотистых основания ДНК: аденина, гуанина, цитозина и тимина. Определены матрицы формы углеводной компоненты нуклеиновой кислоты — дезоксирибозы, а также комбинации углеводной компоненты и фосфатной группы нуклеиновой кислоты — дезоксирибозы-фосфат. Наконец, построены матрицы формы нуклеозидмонофосфатов (нуклеотидов): дезоксиаденозина, дезоксигуанозина, дезоксицитидина, тимидина. Искомая матрица формы олигонуклеотида (молекулы ДНК) определяется в виде блочно-диагональной матрицы, в которой в качестве блоков выступают матрицы формы отдельных нуклеотидов. Построенная матрица формы ДНК имеет перспективу обобщения данного формата описания на случай вторичной и последующих структур молекулы ДНК.
Плохотников К.Э. Численное моделирование матрицы формы молекулы ДНК. Математическое моделирование и численные методы, 2026, № 1, с. 99–118.